Alors que les habitants de Bricksburg coulent des jours heureux depuis cinq ans, une nouvelle et terrible menace se profile à l'horizon : des envahisseurs Lego Duplo venus des confins de l'espace qui détruisent tout sur leur passage ! Pour vaincre ces redoutables ennemis et rétablir la paix dans l'univers Lego, Emmet, Lucy, Batman et leurs amis devront explorer des mondes lointains et inconnus. Ils découvriront même à cette occasion une étrange galaxie où chaque situation est une comédie musicale !