Alors que les X-Files sont fermés, Mulder et Scully échappent de peu à un attentat terroriste à Dallas. C'est le début d'une enquête menée tambour battant, mêlant conspiration au plus haut niveau et virus d'origine millénaire à l'origine extraterrestre.

Lord Brett Sinclair et Danny Wilde n'ont à priori rien en commun. Mais ils vont tout de même faire équipe et devenir le duo le plus ravageur de la télévision...

A la suite d'une expérience de voyage dans le temps, l'esprit du docteur Sam Beckett se retrouve coincé dans le corps d'inconnus. Il va alors se promener à travers le temps et passer de la peau d'un personnage à un autre en essayant de réparer les erreurs du passé. Son grand espoir : que son prochain saut dans le temps le ramène chez lui et lui rende enfin son vrai visage. Pour cela, il est aidé par Al, un hologramme totalement déjanté. Dans cette troisième saison, Sam revient dans sa propre famille, affronte le Vietnam au côté de son frère ou se retrouve dans le couloir de la mort.

Suite à une expérience de voyage dans le temps, l’esprit du docteur Sam Beckett, se retrouve coincé dans le corps d’inconnus. Pour quitter l’époque où il se trouve en ayant une chance de retrouver la sienne et son propre corps, il devra résoudre les problèmes des personnes dans lesquelles il s’est incarné… Dans cette pénultième saison, vous verrez Sam et Al survivre à un ouragan, traquer un meurtrier, et même se retrouver dans la peau l'un de l'autre !